Le terme « cobaye » viendrait du mot indigène « cabiai ». C'est un animal originaire des Andes. Dans la nature, il vit en communauté mais il s'accommode très bien à la solitude.
Les cochons d'Inde sauvages seraient apparus sur Terre il y a 40 ou 50 millions d'années. Lors de fouilles pratiquées à 4000 m d'altitude, au centre du Pérou, on découvrit des crânes de cochons d'Inde, qui par les différences qu'ils présentaient avec ceux des cochons d'Inde sauvages, ont montré que la domestication s'effectua entre 9000 et 3000 avant J-C.

Visiblement, les animaux avaient d'eux-mêmes recherché protection et chaleur dans les maisons, s'étaient nourris de déchets de cuisine. Les hommes les tolérèrent d'abord puis les élevèrent. Les Incas consommaient leur chair et les sacrifiaient au Dieu du Soleil.

Comment le cochon d'Inde arriva en Europe ?

Le zoologue suisse Konrad Gesner écrivit dès 1554 un ouvrage consacré aux cochons d'Inde. Il parlait alors de lapin indien ou de petit cochon. Mais ce n'est en fait qu'en 1670 que des commerçants hollandais emportèrent avec eux, pour l'offrir à leurs enfants, l'animal confiant qu'ils avaient découvert chez les Indiens de Guyane (alors colonie néerlandaise).

Les cochons d'Inde s'habituèrent rapidement à leur nouveau milieu et se reproduisirent si vite que les animaux élevés en Hollande étaient dès 1680 vendus en France et en Angleterre. Ils étaient alors si coûteux que seuls les gens fortunés pouvaient en acquérir. Mais cela changea vite, du fait que cet animal est très facile à garder, à nourrir et à élever.